Next Generation Sequencing (NGS) ist eine moderne Technologie, die eine schnelle genetische Untersuchungen ermöglicht.
Mittels NGS können Millionen von DNA- oder RNA-Fragmenten parallel analysiert und mit ensprechend leistungsstarken bioinformatischen Tools ausgewertet werden.
Das NGS kommt zum Beispiel in der Diagnostik bei Krebserkrankungen, Infektionen oder auch zur Analyse der Darmflora (Mikrobiom) bei Menschen und anderen Säugetieren zum Einsatz.
NGS: unsere Stärken
Flexibilität. Vorgegebener Weg der Analyse (Standard) oder kundenspezifische Anwendung mit höchstem Output.
Technologie. State-of-the-art Tools (QIAGEN Panels, 10x Genomics).
Reproduzierbarkeit. Standardisierte Workflows mit nf-core/Nextflow.
Effizienz. Ressourcenschonende Methoden (Salmon, BIAS-Korrektur).
Umfassend. Von der QC bis zu interaktiven Visualisierungen.
unsere NGS-Expertise
Unser fünfköpfiges NGS-Team vereint Expertise aus der Molekular- und Mikrobiologie, der Bioinformatik und Datenanalyse.
Wir bedienen damit sowohl andere Forschungspartner als auch industrielle Anwendungen mit ressourcenschonenden und reproduzierbaren Analysen.
NGS-Spezialanwendungen
• DNA-Metabarcoding für Lebensmittelanalytik
• projektspezif. Amplikon-basierte Analysen
• industrielle Mikrobiom-Charakterisierung
• umfassende Forschungsunterstützung
NGS-Analytik Ihrer Proben (full service)
NGS-Auswertung Ihrer Daten
Unser Technologie-Stack
Wir setzen auf state-of-the-art Bioinformatik-Tools und -Pipelines z.B.
QIIME2 für Mikrobiom-Analysen
nf-core für Standardisierte Pipelines
Nextflow für Workflow-Management
Seurat für Einzelzell-Analysen
DESeq2 & edgeR für die differenzielle Expressionsstudien
Salmon für Alignment & Quantifikation
cellranger für 10x Genomics Processing
FastQC & fastp für die Qualitätskontrolle
DAVID & EnrichR für GO Enrichment
Paketlösungen
Full Service Next Generation Sequencing
Mirkobiomanalytik, 16s und ITS-Analyse
Professionelle ampliconbasierte Mikrobiom-Analysen mit modernsten Methoden und individueller Anpassung.
- Analyse aller variablen Regionen im 16S rRNA Gen
- QIAGEN 16S/ITS Screening Panel
- Spezifische Regionen (z.B. V3/V4)
- ITS Auswertung (Fungal Profiling, Forward Reads)
- Taxonomische Identifikation bis Gattungsebene
- Alpha-/Beta-Diversität & differenzielle Abundanz
- DNA-Metabarcoding (Fleisch, Fisch, Schalentiere)
- Interaktive Visualisierungen & Reports
Bulk RNA Sequenzierung
State-of-the-art Transkriptom-Analysen mit bias-korrigierten, ressourcenschonenden Methoden.
- Qualitätskontrolle (FastQC, fastp)
- Ressourcenfreundliches Alignment (Salmon + Decoy)
- BIAS-Korrektur (GC-, Position-, Sequenz-BIAS)
- Differenzielle Expression (DESeq2, edgeR)
- Gene Ontology Enrichment (DAVID, EnrichR)
- Visualisierungen (Heatmaps, PCA, Top 50 DEGs)
- Excel-Export & umfassende Reports
Hochauflösende Einzelzellanalysen mit 10x Genomics Chromium und professionellen Workflows.
- 10x Genomics Chromium Technologie
- Qualitätskontrolle (FastQC)
- Preprocessing (cellranger)
- Clustering & Markeridentifikation
- Downstream-Analysen (Seurat, Loupe Browser)
- Visualisierungen (UMAP, t-SNE, Violin-, Elbow-Plots)
- Differenzielle Expression auf Genebene
- Umfassende Tabellen & Reports
Bioinformatik-Services (Auswertungen)
